Согласно законодательству Российской Федерации, при разводе родителей гражданство ребенка определяется с учетом его интересов. В данном случае, поскольку мать ребенка является бывшей гражданкой Французской Республики и решила вернуться на родину, она имеет право подать заявление о выходе из российского гражданства как для себя, так и для своего сына.
Однако, решение о выходе из гражданства трехлетнего ребенка должно быть принято с учетом его интересов и благополучия. В данной ситуации, суд может принять решение о сохранении гражданства ребенка Российской Федерации, чтобы обеспечить ему доступ к образованию, здравоохранению и другим государственным услугам.
Таким образом, в данном случае, решение о выходе из гражданства трехлетнего сына должно быть принято с учетом его интересов и благополучия, и может быть принято судом на основании заявления матери и других обстоятельств дела.